DNase处理后RNA总是降解

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发信人: reallyloveme (ray), 信区: Biology
标  题: DNase处理后RNA总是降解
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb  6 21:39:33 2017, 美东)

为了避免RNA可能存在DNA contamination，需要用DNase消解。
尝试了两种DNase，Turbo DNA-free kit和Invitrogen DnaseI (amplification grade)
。但最后发现貌似RNA都严重降解。

Turbo两步：第一步是加入enzyme；第二步是加入inactivation离心取上清。两个步骤
后我分别取了RNA跑denaturing gel，如下图
lane 1：ladder
lane 2：原始total RNA （质量非常好）
lane 3：Turbo first step
lane 4：Turbo second step

很明显是加入turbo enzyme这步骤后RNA就降解了。问了实验室的人他们貌似都不跑gel
检查RNA质量。我用turbo-treated后的RNA做RT-qPCR，Ct value比non-treated的可能
要小1-2个cycle，不是想象的那么不堪。

我也做了RT-minus的qPCR，Ct大于36，非常小。是不是可以干脆不需要这步骤了？我主
要是研究intron区域，Ct大概一般是28-30

所以请问：
1.是否可以不做Dnase消解
2.我干脆不管这个Dnase treat后的RNA quality？这样做出来的qPCR结果是否可靠？

谢谢大家